La línea de Medio Ambiente y Energía se incluye para dar al programa un giro multidisciplinario, involucrando las áreas biológica, química, recursos naturales, simulación computacional, ecología, etc., con orientación en sustentabilidad. Además, esta línea permitirá desarrollar temas de investigación que incidan directamente en las prioridades de los planes estatal y nacional de desarrollo (Objetivo 4 del plan de desarrollo nacional 2013-2018, de impulsar y orientar un crecimiento verde incluyente y facilitador que preserve nuestro patrimonio natural al mismo tiempo que genere riqueza, competitividad y empleo de manera eficaz).
De esta forma se impulsará la formación de Recursos Humanos con conocimiento en los temas que actualmente son prioritarios a nivel global, nacional y local, entre los cuales se incluyen: Cambio climático, energía, biodiversidad, agua dulce y océanos, residuos peligrosos y sustancias tóxicas, suelo y alimentos, que van acorde con el Programa Nacional de Medio Ambiente y Recursos Naturales (PNMAyRN). En el tema energético, se considera la creciente implementación de las energías renovables en el mundo y se centrará en el desarrollo de las mismas y/o en la generación de energía basada en recursos limpios, para estar acorde con los requerimientos de las estrategias nacionales e internacionales en las demandas que se tienen al respecto.
La Química Ambiental es una de las áreas de investigación que se está incluyendo en los programas de ciencias ambientales multidisciplinarios.
Esta área se enfoca a estudiar los procesos físicos y químicos en la transformación de diferentes ecosistemas, como hidrosfera, atmósfera, suelo, los fenómenos citotóxicos asociados a diversos contaminantes y su impacto en el medio ambiente y la salud humana. También describe los procesos químicos de remoción de contaminantes de agua, suelo y aire; con un enfoque particular en el análisis cuantitativo de los niveles de contaminantes que representan un riesgo potencial al ambiente y salud.
Otro de los propósitos de la química ambiental es incentivar el desarrollo de metodologías limpias o verdes no sólo para la detección de contaminantes, sino también para el tratamiento y disposición de aquellos que constituyan un riesgo al medio ambiente y a la salud.